柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来

　　莲川一也（佐佐木望 配音）是一个平凡的少年，和哥哥莲川一弘（井上和彦 配音）过着相依为命的生活。哥哥即将结婚了，可是，他的结婚对象竟然是一也的初恋，这让初涉